V únoru 1946 byla přesunuta část personálu 311. bombardovací perutě na letiště Plzeň-Bory, kde byl vytvořen 24. letecký pluk „Biskajský“. Ze zbytku se stal 25. letecký pluk „Atlantický“ na letišti Havlíčkův Brod. Obě jednotky měly z počátku k dispozici jen několik letounů Siebel Si-204, Fieseler Fi-156 a Piper Cub. V květnu 1946 byl personál 25. pluku přeškolen na letouny Petljakov Pe-2 a v září byl přesunut na letiště Plzeň-Bory. Létající i pozemní personál 24. pluku byl v létě 1946 odeslán do Velké Británie k přeškolení na letoun De Havilland 98 Mosquito. První Mosquita přišla do Čech v únoru 1947. Po únoru 1948 nastaly personální čistky, kvůli nimž museli západní letci opustit řady armády. V létě 1948 bylo zakázáno 24. a 25. leteckému pluku užívat čestné přívlastky „Atlantický“ a „Biskajský“.
V roce 1950 začala komplexní reorganizace letectva podle sovětského vzoru a 6. letecká divize byla zrušena. Letouny Petljakov Pe-2 u nás dolétaly v roce 1951, Mosquita v roce 1953. 4. stíhací letecký pluk byl vytvořen 28. října 1945 na základě 312. perutě RAF. Nejprve sídlil na letišti v Českých Budějovicích. Ve výzbroji měl nejprve Spitfire Mk. IXe, později českou verzi Messerschmidtu Bf-109 – Avie S-199 a několik cvičných a spojovacích letadel.
V červnu 1945 byl 5. slp přesunut na letiště Plzeň Bory. V roce 1951 začalo přezbrojení na proudové stíhačky Mig-15. V dubnu 1952 spolu s dalšími jednotkami na letiště v Líních. Stíhači z Líní plnili výcvikové úkoly a zajišťovali ostrahu našich západních hranic před západním imperialismem.V roce 1959 přišly do výzbroje 5. slp první Mig-19 S, PM. Dále bylo ve výzbroji pluku několik cvičných letedel L-29. V padesátých a šedesátých letech se vystřídalo několik jednotek, mimo jiné zde pobýval 4.slp, 45. dělostřelecký průzkumný pluk a 47. průzkumný letecký pluk. V roce 1960 byla na letišti Líně vytvořena 1. spojovací letka, která v roce 1963 byla přeznačena na1. vrtulníkovou letku a přesunuta na letiště Plzeň–Bory. V roce 1970 dostal 5. slp první Mig-21. Letouny tohoto typu jsou páteří našeho stíhacího letectva dodnes. Po několika reorganizacích byla v roce 1974 vytvořena na letišti Plzeň–Bory 11. vrtulníková letka a 1. spojovací vrtulníková letka. První vrtulníky Mi-24 byly na Borech od roku 1981, v roce 1984 přišla 4. letka od 51. vrp. V roce 1984 se na Borech objevily první vrtulníky Mi-17. 15. dubna 1985 byl založen 11. vrtulníkový pluk. Po roce 1989 spolu s rozkladem celé armády přišel útlum letecké činnosti, v roce 1990 zbyl v hotovosti jen jeden jediný Mig-21 MF. V květnu 1991 opustil 5. slp letiště Líně, na které byl na podzim přesunut 11. vrtulníkový pluk z letiště Bory. 5. stíhací letecký pluk byl po několika letech přesunů a reorganizací 31.srpna 1991 zrušen. Nakrátký čas se ještě do Líní proudové stíhačky vrátily – 1. letka Leteckého zkušebního odboru Praha Kbely přiletěla 25.5.1995. Měla za úkol plnit speciální úkoly ve spolupráci s Centrem pro výzkum stresu a odolnosti člověka. Ve výzbroji měla 7 letadel Mig-21 a jeden kus L-39. Stresová letka po se dvou letech činnosti přesunula 12.6.1997 do Českých Budějovic. Poslední Mig-21MF z leteckých opraven na letišti Líně odletěl 21.července 1997.
1. letka velení a průzkumu převzala provozování letecké záchranné služby dne 1.5.1991 od společnosti Slovair. Leteckou pátrací a záchrannou službu provozoval 11. vrtulníkový pluk na letišti Plzeň-Bory. Pro činnost LZS byly používány vrtulníky Mi-2 od 1. ltvpz a Mi-17. Letka byla zrušena k 31.10.1992, část vrtulníků a personálu byla přesunuta do Piešťan na Slovensko. Ostatní personál a stroje byly začleněny do 3. smíšené letky 11. vrtulníkového pluku, toho času již na letišti Líně. 11. vrtulníkový pluk byl přesunut do Přerova 31.12.1994.V roce 1993 se činnost vojenské LZS v Líních dostala tehdejší legislativě do situace, která hrozila jejím zrušením. K nápravě však chyběla vůle jak ze strany tehdejší politické reprezentace státu, tak ze strany představitelů armády. V roce 1994 byla plzeňská jednotka začleněna do struktury mezinárodní pátrací a záchranné služby – SAR. 1.1.1995 v Líních vzniká nová jednotka – Letecké středisko záchranné služby. Líňská LZS byla rozdělena na dvě samostatné složky – leteckou (vrtulníky, piloti, technici) a zdravotnickou (lékaři, sestry). Středisko LZS v Líních mělo ve svém stavu tři vrtulníky Mi-2 a dva Mi-17.
V letech 1996-1997 přebral útvar vrtulníky W-3A. V této době bylo zároveň rozhodnuto o předání stanoviště LZS pro západočeský region firmě Aerocentrum, s.r.o., proto byla ke dni 1.4.1997 oficiálně ukončena činnost útvaru v LZS. Nicméně ještě čtrnáct dní letka plnila úkoly ve prospěch Ministerstva zdravotnictví, protože novému provozovateli chyběl vrtulník. Od 15.4.1997 vojenský útvar zabezpečoval pouze službu SAR a ke dni 1.10.1997 byl zrušen a personál s vrtulníky přeložen na letiště Praha – Kbely, kde byl zařazen do stavu jako 3. letka. V době, o níž hovoříme, byla činnost LZS a SAR v armádě zcela opomíjenou a považována za zbytečnou, avšak odmítavý postoj se částečně změnil po povodních v roce 1997 na Moravě, kdy se zúročily těžce nabyté zkušenosti plzeňských posádek z dob provozování LZS. Letka se zúčastnila záchrany se dvěma W-3A a jednou Mi-17 a byla opravdu platným pomocníkem.
Nová kapitola LZS v západočeském kraji se začala psát 1.5.1998. 3. letka 6. základny dopravního letectva Praha–Kbely převzala stanoviště v Plzni-Líních. Dne 1.12.1998 se 3. letka 6. zdl přetransformovala v nový samostatný útvar – Letku letecké pátrací a záchranné služby. Velitelem letky se stal pplk. ing. Jiří Jogl. Letka používá ke své činnosti vrtulníky
W-3A v počtu sedmi kusů a zabezpečuje službu LZS a SAR dvěma vrtulníky ze stanoviště v Líních a službu SAR jedním vrtulníkem z Přerova po 24 hodin denně. Takto je schopna zabezpečit pokrytí celého území ČR v případě pátrání po civilních a vojenských letadlech v nouzi.